Během výroby některých potravin se v nich objeví celá řada škodlivých látek. Můžeme je rozdělit do tří základních skupin podle jejich původu.
Škodliviny v potravinách z hnojiv a postřiků
První skupinu tvoří reziduální zbytky látek z hnojiv, herbicidů (látky proti plevelům), insekticidů (látky proti hmyzu), pesticidů (látky na ochranu rostlin proti škůdcům), postřiků v ovocnářství a dalších látek použivaných v zemědělské výrobě polní, ale i z léků, hormonálních přípravků a jiných látek používaných v živočišné výrobě nebo toxinů ze špatného krmiva. (Např. aflatoxin vyvolávající rakovinu jater). Zavedení širokého používání těchto látek spočívá ve snaze dosáhnout rekordních, co nejméně nákladných výsledků, v neznalosti dalšího osudu těchto látek a jejich přechodu do potravin, neznalosti nebezpečí jejich hromadění v lidském těle a možnosti dlouhodobého pomalého poškozování lidského zdraví těmito látkami. Příkladem mohou být dusíkatá hnojiva, z kterých se dusičnany a nitrosaminy, které jsou rakovinotvorné látky.
Přidané látky v potravinách
Druhou skupinu tvoří látky přidávané do potravin potravinářským průmyslem. Účelem těchto látek je napravit aspoň zdánlivě vzhled, vůni a chuť potravin, které byly znehodnoceny průmyslovým zpracováním. Tyto látky však na kvalitě potravin nic nezachrání a ještě více snižují jejich biologickou hodnotu a činí je pro člověka škodlivější. Dají se počítat na desítky a mnoho z nich bylo po tom, co poškodili zdraví mnoha lidí zakázány (např. tzv. máselná žluť, která vyvolává rakovinu, jater, byla používána k barvení ztužených tuků). Je až neuvěřitelné, že např. v základní potravině jako je chleba, bylo zjištěno více než dvacet přidaných umělých chemických látek, zatímco naši předkové uměli péci daleko chutnější chléb bez jediné chemické látky. U nás je však u mnoha potravin používání umělých chemických látek stejně intenzivní.
Potravinářský průmysl a naše normy vychází z tzv. povoleného denního příjmu, jehož hodnota se získá pokusem na zvířatech tak, že se zjistí množství zkoumané látky, které začíná mít toxický vliv na zvíře a toto množství se zmenší 100 x. Zdánlivě jsou tedy povolena bezpečná malá množství látek, které mohou být přidávána do potravin. Je to však jen skutečně zdánlivá neškodnost, protože byla určena na zvířatech, která mají vyvinutější detoxifikační ochranu, byla zkoumána vždy jen jedna látka samostatně v hodnotné přirozené dietě zvířete a toxické působení je už krajní mez škodlivosti určité látky.
Při praktickém použití v protravinářském průmyslu se pak objevuje v jedné potravině, navíc ještě často s velmi nízkou biologickou hodnotou, několik umělých chemických látek najednou, takže je běžné, že člověk konzumuje desítky těchto syntetických potravinářských látek během jednoho dne nebo několika málo dnů, a to dlouhodobě. Tyto látky mohou vzájemně reagovat za vzniku škodlivějších látek a vzájemně násobit své škodlivé účinky, jak je tomu u mnohých látek vyvolávajících rakovinu. To jsou všechno ještě neobjasněné otázky. Není syntetické sloučeniny, která by nebyla v určitém, často i velmi malém množství škodlivá, je-li podávána dlouhodobě.
Škodliviny vznikající výrobou
Třetí skupinu tvoří látky, které vznikají v potravinách po jejich průmyslovém zpracování. V syrovém ovoci, zelenině a jiných rostlinných a živočišných produktech jsou látky od sebe odděleny systémem membrán bílkovinné povahy a nemají možnost vzájemného přiblížení. Jakmile je potravina tepelně nebo mechanicky zpracována, membrány zanikají a jednotlivé látky mohou spolu reagovat, jsou přístupné oxidačním reakcím vzdušným kyslíkem, mohou reagovat a reziduálními látkami ze zemědělské výroby a s přidanými potravinářskými látkami. Skutečně bylo prokázáno, že ve zpracovaných potravinách vzniká postupně celá řada látek, jejichž vzniklé množství závisí na době skladování. Jsou to v některých případech i velmi složité sloučeniny, které by byly ve větším množství toxické.
V průmyslově zpracovaných potravinách, často skladovaných delší dobu, vzniká celá řada nepřirozených sloučenin, které, i když přítomny v malých množstvích, ničí enzymy v buňkách tkání, blokují různé důležité reakce, zatěžují organismus jejich nutnou detoxifikací a tak urychlují nebo přímo vyvolávají degeneraci některých orgánů a podporují nebo působí vznik různých degenerativních chorob.
Škodliviny přes pokožku a v kuchyni
Nebezpečné pro zdraví jsou také sloučeniny, které přicházejí dotěla mimo potravu, a to pokožkou. Jsou to např. velmi toxická barviva z různých kosmetických přípravků (rtěnky, barevné krémy, oční stíny, pudry, vlasové přelivy, zubní pasty apod.) nebo konzervační látky z pleťových krémů. Velmi škodlivé jsou i saponáty, zejména používané k umývání nádobí. Jejich používání není potřebné při používání přirozených potravin. Pozor také při praní prádla a mytí auta.
Zdraví nebezpečné je i používání jakéhokoli hliníkového nádobí (příbory, kastroly, pánve, čajové konvice, tlakové hrnce, kávovary, alobal apod). Hliník přechází ve stopovém množství do požívané potraviny. I tato malá množství se v těle postupně hromadí. Hliník nejvíce poškozuje právě buňky nervové soustavy, působí postupně ztrátu paměti a poškozuje schopnost myšlení.