Střevní bakterie jsou nedílnou součástí pro činnost zdravého imunitního systému, kromě mnoha jiných funkcí.
Nerovnováha v poměru prospěšných mikrobů a přerůstání patogenních mikrobů způsobuje například přibývání na váze. Správně diverzifikovaný ekosystém ve střevech reguluje imunitu, snižuje zánět a udržuje těsná spojení buněk střevní výstelky. Střevní mikroby regulují hormony produkované ve střevě, které ovládají naši chuť k jídlu, ovlivňují, jak se se cítíme po jídle, a dokonce i regulují krevní glukózu a hladinu inzulínu.
Ačkoliv máme k plnému porozumění důležitosti střevní mikroflóry pro správnou funkci zažívacího traktu a pro zdraví ještě dost daleko, již nyní je odborníkům zřejmé, jak důležitou úlohu mají bakterie v mikrobiomu. Velké množství studií naznačuje jejich vliv na vznik zácpových a průjmových stavů, imunitní systém, vznik nádorových onemocnění a absorpci minerálů.